Aufgabe einer jeden Stiftung sollte es sein, Projekte und Ideen zu unterstützen, die im Rahmen staatlicher Grundversorgung nicht oder nicht ausreichend bedacht werden. Diese Idee verfolgt auch die Dr. Hans Messer Stiftung, indem sie Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler fördert und würdigt, die durch besondere oder herausragende Leistungen auf sich aufmerksam gemacht haben, Stipendien vergibt, Förderpreise verleiht und wissenschaftliche und schulische Einrichtungen unterstützt.
Die Dr. Hans Messer Stiftung ist sowohl fördernd als auch operativ tätig. Sie ist eine gemeinnützige rechtsfähige Stiftung privaten Rechts und leistet auf vielfältige Art und Weise einen kontinuierlichen Beitrag zur Förderung von Wissenschaft und Forschung, aber auch zur Förderung der Bildung in Schule und Beruf. Diese Aufgaben gewinnen in der heutigen Zeit immer mehr an Bedeutung, da es von staatlicher Seite oft nicht möglich ist, ausreichende Fördermittel zur Verfügung zu stellen. So werden Bildungsdurst, Innovationskraft, wissenschaftliche Neugier und Pioniergeist honoriert.
Der Stiftungszweck der Dr. Hans Messer Stiftung ist die Triebfeder für Ausbildung und Wissenschaft. Gemäß der Satzung unterstützt die Dr. Hans Messer Stiftung Wissenschaft und Forschung, Volks- und Berufsbildung sowie Studierendenhilfe. Bis heute wurden insgesamt mehr als 20 Millionen Euro für Stiftungszwecke aufgewendet.
Die Schwerpunkte der Stiftungsarbeit bestimmt der Stiftungsrat der Dr. Hans Messer Stiftung, der damit eine gewisse Richtung vorgeben will. Die Schwerpunkte können sich allerdings ändern oder nur für einen bestimmten Zeitraum gelten. Zurzeit liegt der Schwerpunkt bei Förderungen der Wissenschaft und Forschung hauptsächlich auf dem Gebiet der MINT-Bereiche, also Mathematik, Informatik, Naturwissenschaften und Technik. Daneben wird regelmäßig der Bereich Medizin gefördert. Die Dr. Hans Messer Stiftung vergibt eine Reihe unterschiedlicher Stipendien an Schülerinnen und Schüler, Studierende, Promovierende und Berufstätige. Daneben werden auch besondere Stipendienprogramme aufgelegt.